Церковь Дойчхаус была изначально церковью Вюрцбургского Тевтонского ордена. Епископ Отто фон Лобдебург (1207—1223 гг. правления) в 1219 г. подарил Тевтонскому ордену свой дом, лежащий у монастыря Святого Иакова и когда-то принадлежавший штауфенскому королевскому двору.
В 1270 г. Тевтонский орден начал строительство церкви Дойчхаус.
Уже в 1287 г. возникли сложности, связанные с тем, что Орден хотел застроить дорогу, ведущую к монастырю. При посредничестве короля Рудольфа Габсурга в 1296 г. было заключено соглашение с Вюрцбургским магистратом, и дорога была построена под аркой.
В 1320 г. строительство церкви было закончено.
Церковь Дойчхаус является известным зданием времен начала зрелой готики в Восточной Франконии и необычайно хорошо, без больших изменений, сохранилась до наших дней.
Особенное значение имеют капители, консоли и камни свода. К примеру, изображение трех карикатурных чертей и двух проклятых.
Позднероманская капелла, которая находится в подземном этаже башни, была открыта в 2005 г. после реконструкции. Изначально была построена в 1226 г.
Особенностью церкви является также комната покаяния. Она представляет собой открытое пространство перед ризницей с окном к нефу. Изначально она была задумана для братьев ордена, виновных в каком-либо прегрешении (клевета, нарушение целомудрия, неповиновение) и из-за этого не допущенных к мессе. Так как в ордене участие в мессе было обязательным, грешные братья могли наблюдать службу через окно комнаты, однако во время покаяния не допускались к причастию.
В 1805 г. баварское государство получило во владение вюрцбургское комтурство Тевтонского ордена. Церковь стала почти на 120 лет военным складом. Благодаря своим размерам, церковь была разделена поднятыми полами на три этажа. Две богато украшенные консоли были этим так сильно повреждены, что фигуры на них были безвозвратно утеряны, окна были по большей части заколочены досками.
После долгих переговоров весной 1922 г. церковь была передана евангелическо-лютеранскому церковному управлению. Пастор Бернард Кох получил тяжелое задание — сделать пригодным к церковной службе полностью опустевшее и испорченное здание церкви.
Первая церковная служба состоялась уже на рождество 1922 г. Община заняла места на одолженных стульях и досках, положенных на каменные блоки, многие стояли в рядах, в то время в не отапливаемой церкви.
Ремонт в 1923 г. пришелся на тяжелые времена инфляции. Пастор лично ездил по стране, собирал подаяние, которое откладывал на то, чтобы оплатить счета за ремонт.
Накануне рождества 1923 г. церковь была открыта вновь, после долгого труда и стараний.
На Пасху 1924 г. община получила 12000 золотых марок на приобретение витражей в помещении хора. Эти витражи, сделанные в 1924—1925 гг. художницей Элизабет Кёстер, и сейчас украшают церковь. Во время войны они были своевременно разобраны и поэтому уцелели.
Группа распятия — работа вюрцбургского скульптора Хайнца Шистля (1867—1940 гг.), она была создана в 1929—1930 гг. Мария и Иоанн — копии работ Тильмана Рименшнайдера в городе Альб.
