Доки в Ираклионе — большие продолговатые здания с бочкообразными сводчатыми крышами, они обеспечивали место для кораблей, требующим охраны или ремонта. Они также использовались для строительства новых судов. В различное время были построены три комплекса.
Первый из таких комплексов назывался Арсенали Антики. Он был построен в XIII веке, в углу, созданном византийской стеной и берегом. Он состоял из продолговатых структур, покрытых сводами, опирающимися на диагональные ребра. Здание было разрушено землетрясением 1303 г. и построено заново, но в 1856 году вновь было разрушено землетрясением.
Комплекс вторых доков, известный как Арсенали Векки, был построен на западе от Арсенали Антики. Он состоял из трех сводчатых структур, связанных арками.
Третий и последний комплекс — Арсенали Нуови и Нуовиссими — был построен на юго-западе от порта. Изначально он состоял из пяти сводчатых структур, в дальнейшем расширенных на север добавлением комплекса Арсенали Нуовиссими. Все, что осталось от него — западный свод, к которому примыкает бывший большой резервуар для воды.