Первое упоминание о Десятинном монастыре проходит в летописи 1327 года. В ней говорится: «…постави церковь святой Богородицы рождество архиепископ Моисей в Десятине».
В 1397 г. новгородский посадник Исак Онкифов возводит уже новый храм рождества Богородицы (перестроена в 1670-е годы), а в 1413 г. — Иван Морозов ставит еще одну каменную церковь Иоанна Предтечи. Постепенно обитель обрастает всем комплексом монастырских построек — каменными кельями-стенами, часовней, трапезной, квасовней.
В 1809 г. ставится каменная колокольня, венчающая весь комплекс. Она была перестроена в 1903 г. и в таком виде дошла до наших дней.
В 1970–1980 гг. кельи и монастырские помещения были отреставрированы.
Десятинный монастырь со времени своего основания до времени закрытия был женским монастырем.
Здесь находится часть мощей великомученицы Варвары.
В подцерковье похоронены: Елизавета Лупалова, игуменья Палладия из рода Бутаковых (родственников Рахманинова), старица Мария Михайловна.
Реставрационные работы проводились в 1975 г., 1978–1983 гг.
