Церковь сооружена в 1762–1765 годах на средства владимирского купца Семена Лазарева на месте старой деревянной церкви XVII века и посвящена памяти святого мученика Никиты — столпника Переяславского. Церковь установила праздник в его честь 6 июня.
В XII веке здесь находился Козьмодемьянский монастырь, упоминаемый в летописях.
Постройка принадлежит к типу традиционных трапезных церквей и имеет трехчастное членение плана. Но ее внешние формы и внутренняя структура несут на себе эстетические вкусы XVIII века, связанные с архитектурой барокко, отчего Никитская церковь похожа скорее на гражданское сооружение. В старом деревянном городе высокая вертикаль храма была прекрасным ориентиром, поэтому улица, ведущая к ней от Золотых ворот, тоже стала называться Никитской.
Снаружи фасады здания членятся тремя ярусами больших окон, обрамленных пышными наличниками. Углы постройки оформлены пучками пилястр с ордернымикапителями. В убранстве верха храма использованы такие чисто барочные мотивы, как волюты, люкарны, картуши; использованы также разнообразные фигурные формы покрытия кровли.
Живописность храма делает его одним из интереснейших памятников барочной архитектуры в русской провинции.
Боковые двухэтажные приделы были пристроены с севера и юга храма в 1849 году при участии купца П. В. Козлова. Храм был с двумя престолами: внизу — во имя святых Козьмы и Дамиана, вверху — в честь Усекновения главы Иоанна Крестителя.
Украшением храма являлся иконостас, сделанный во вкусе времен Екатерины II, с резными царскими вратами, одной формы с иконостасом Успенского собора.
Церковь закрыли в 1938 году.
В помещении разместилась Владимирская экспериментальная научнореставрационная производственная мастерская (управление «Владимир-реставрация»), созданная еще в 1945 году.
