Церковь Рождества Христова впервые упоминается в письменных источниках 1520 года.
Церковь Рождества Христова была построена на месте старой деревянной церкви, которую разобрали в 1807 году. Проект церкви был разработан А. И. Меленским в 1808 году. Строительство церкви началось в 1809 году, а закончилось в 1814 году.
В отличие от старой деревянной церкви, которая по плану 1803 года была сориентирована достаточно точно апсидой на восток, новая церковь был воздвигнута вдоль улицы своим боковым фасадом так, что её алтарь был ориентирован в юго-восточном направлении. Сооружение было размещено на углу главной улицы Подола, которая являлась началом дороги с Подола до Лавры.
В 1840 году к церкви был пристроен притвор Сергия Радонежского.
В церкви Рождества Христова 6—7 мая 1861 года был установлен гроб с телом Тараса Григорьевича Шевченко, по пути следования из Санкт-Петербурга в Канев. Перед большим скоплением людей архиепископ Петр Лебединцев вместе с настоятелем храма Ж. Желтоножским отслужили молебен великому поэту Украины. После этого события киевляне прозвали церковь «Шевченковой».
Петр Лебединцев оставил следующее воспоминание: «К 4 часам, когда была назначена панихида и вынос из церкви к пароходу, стоявшего у цепного моста, не только церковь, но и двор оказались битком набиты. По Александровской улице, по шоссе, по горах Андреевской и Михайловской, и на горе у Царского сада стояло народа не меньше, чем бывает 15 июля, во время Владимирского крестного хода».
В 1935 году по распоряжению коммунистического правительства церковь снесли.
Рождественская церковь архитектора Меленского представляла собой восьмигранник, к которому с восточной стороны прилегала полукруглая апсида, а с западной — прямоугольная колокольня. С южной и северной стороны строение украшали четырёхколонные портики ионийского ордера на высоком стилобате. Главное помещение сооружения перекрывалось восьмиугольным перекрытием, апсида — конхом. В центре апсида имела восьмиугольное пространство, над которым возвышался небольшой четырёхугольный купол с окнами.
Колокольня была двухъярусная. Второй ярус представлял собой ротонду из восьми колон ионического ордера, попарно соединённых простенками. Звонница завершалась полусферическим куполом с высоким шпилем.
Восстановление церкви было начато в 2002 году корпорацией «Укрреставрация». Общая площадь строения — 195,5 кв. м., высота до креста — 24,73 м. Проект новой церкви подготовил архитектор Юрий Лосицкий. Согласно проекту, церковь восстанавливалась на том же месте и в том же виде, в котором она существовала на момент разрушения.
В понедельник, 19 января 2004 года, в Киеве состоялось торжественное открытие восстановленной Церкви Рождества Христова, расположенной на Почтовой площади на Подоле.
В церемонии открытия, приуроченного к христианскому празднику Крещения Господня, приняли участие мэр Киева Александр Омельченко, депутаты Киевсовета и Верховной Рады, а также президент корпорации «Укрреставрация», которая занималась восстановлением церкви, Николай Орленко.
Проект восстановления церкви Рождества Христова на Подоле был реализован Управлением охраны архитектурных памятников и исторических мест Киева.
