У каждого, кто проезжает мимо церкви Иоанна Богослова, в памяти остается колокольня (высота 67 метров), как бы вырастающая их здания торговых рядов. Церковь с изящной отделкой фасадов, стоящая внутри двора, который образован торговыми рядами, была построена в 1756 году.
Деревянная церковь во имя апостола и евангелиста Иоанна Богослова находилась в 1577–1578 гг. внутри кремля и представляла собой постройку клетского типа. После того, как она сгорела, в 1733 году началось за стенами крепости, на Житной площади в Лубянской слободе, строительство новой каменной церкви с пределом во имя мученика Иоанна Воина. Основные работы были завершены лишь в 1756–1758 гг.
В конце XVIII в. – начале XIX в. церковь подвергалась значительной перестройке, изменена архитектурная отделка. Храм представлял собой высокую «клеть», увенчанную главкой и крестом, богато украшенный белокаменным и лепным декором. Кроме главного алтаря, в холодном летнем храме, имелось еще два престола в трапезной части: в честь иконы Божией Матери «Всех скорбящих Радость» и во имя мученика Иоанна Воина.
В 1819 году была разобрана, грозившая падением, колокольня.
В 1826–1846 гг. стараниями коломенского купца Ивана Ивановича Шапошникова возведена новая, ныне существующая великолепная звонница. На ней было 7 колоколов, а самый большой колокол весил 347 пудов. Вначале стоявшая отдельно (соединена с трапезной в 1852 году) она строилась по проекту, предусматривавшему строительство вокруг церкви четыре корпусов торговых лавок (на средства этих лавок содержался сам храм и церковная школа). Они были выстроены только в 1865 году по проекту И. А. Дагаева, а в 1960-х годах перестроены М. И. Бондаревым.
Иконостас церкви был изготовлен в 1835 г. служителем тульского архиерейского дома золотарём Егором Васильевичем Иконниковым. Роспись стен произвели коломенский мещанин живописец Феофан Гаврилович Дремязгин и помогавшие ему калужские мещане Аполлон Степанов и Митрофан Фёдоров. Новые иконы написали тот же Ф. Г. Дремязгин и московский иконописец Пётр Никитич Лыков
В 1848 г. устроены придельные иконостасы. Они представляли собой красивую композицию в виде триумфальной арки колоннад. Когда в 1909 году за ветхостью иконостасы хотели заменить, Московское археологическое общество не дало согласие ввиду их «красоты и художественного интереса». Перестройку церкви предприняли ради увековечения побед русского войска над Наполеоном. После возобновления храма его вновь освятил 28 августа 1848 года митрополит Московский и Коломенский Филарет.
Главный храмовый образ апостола и евангелиста Иоанна Богослова был написан на золотом фоне и украшен дорогими серебряными привесами. В храме очень почитался и образ святителя Николая с житием XIV в. (копия находится в церкви, а оригинал в Третьяковской галерее). По благословению святителя Филарета, митрополита Московского и Коломенского в нишу на северной стене перенесена уникальная белокаменная икона (Барельеф) XVI века «Богоматерь с младенцем и предстоящим апостолом Иоанном Богословом».
В 1929 году храм Иоанна Богослова закрыли, а церковная утварь была расхищена и перепродана. Многие иконы публично сжигались на Житной площади. В здании церкви размещались склад магазина, отдел главного архитектора, торговый техникум.
Долгое время исторический символ Коломны, памятник федерального значения, один из лучших образцов большой городской церкви в Коломне, в архитектуре которой сочетаются мотивы классицизма XVIII века, находился в запустении и поругании. За эти годы храм сильно пострадал как снаружи, так и внутри.
Колокольни церкви после её закрытия был нанесён ущерб: у неё снесли шпиль, здание понемногу ветшало. Со временем это было исправлено. В 1950-х годах была проведена частичная реставрация колокольни, а в 1960–1962 годах — полная. Работы под руководством архитектора В. П. Белова осуществлялись Московской областной научно исследовательской реставрационной мастерской. Колокольня была оштукатурена и покрыта долговечной краской. Был вычинен её купол, изготовлены из кровельной стали шпиль и «яблоко» в виде рифлёной вазы диаметром 1,33 м. Тогда же были установлены декоративные вазы на углах четвёртого яруса, а модельщики — реставраторы Ф. Ф. Лях, Ю. П. Сарапулов, А. Трофимов восстановили лепной декор, позолотчик И. А. Глухов выполнил золочение купола и шпиля. К ноябрю 1962 года на колокольне по чертежам механика А. Г. Вейнгарда были смонтированы электрические часы — куранты с четырьмя циферблатами диаметром 1,20 м., цифры на которых сделаны из латуни, стрелки — из листового алюминия, покрытого сусальным золотом. К сожалению, позже это уникальное произведение часового искусства замолчало, т. к. механизм часов был украден.
В мае 1988 года была начата ещё одна реставрация колокольни, в ходе которой был позолочен шпиль и вместо иглы на нём установлен крест. После этой реставрации на колокольне осталась металлическая конструкция, которую назвали «удавкой». Эта конструкция около десяти лет портила вид колокольни, пока в год 820-летия Коломны, в сентябре 1997 года монтажниками — высотниками строительной фирмы «Аверс» она не была демонтирована.
В том же, 1997 году (в апреле), церковь Иоанна Богослова была передана общине Русской православной церкви. Юридически передача была оформлена в августе 1999 года. А полностью все здание перешло приходу лишь в 2005 году.
После возвращения Церкви храм преобразился. Вновь засияли кресты над древней святыней. Силами прихода и благотворителей ведутся восстановительные и реставрационные работы, приобретается церковная утварь, пишутся новые иконы, составлены проекты иконостасов, повешены малые колокола, вставлены новые кованные двери… Ведутся работы по благоустройству и украшению не только церковного здания, но и прилагающей территории.
С северной стороны храма его территория была оцеплена красивой оградой из каменных тумб, связанных ажурными коваными решетками. Проект подготовлен по старинным образцам. Церковный двор украшен цветами, кустарниками, искусственными водоемами, дорожками из декоративной плитки, фонарями… Поставлен детский игровой городок на радость самых юных прихожан.
В настоящее время в церкви постоянно совершаются богослужения и требы. Успешно развивается и социальная работа прихода. При храме действует благотворительная столовая, пункт раздачи одежды, пошивочная мастерская. Открыта воскресная школа. Работает одна из самых больших церковных лавок города.