Кирпичная церковь во имя святого великомученика Никиты сооружена в 1695 г. в традициях московского барокко на средства прихожан. До этого, на этом месте был погост, стояла более древняя деревянная церковь.
Поначалу каменная церковь являлась домовой церковью для богатейшего купеческого рода старой Коломны — Мещаниновых. Родоначальником этой фамилии стал в конце XVII в. Демид Мещанинов, чьим усердием, по-видимому, и был построен храм (его значительная часть).
В XVIII в. перестроена колокольня (сделана закрытая паперть), увеличен северный придел. В 1859–1860 гг. устроен южный придел, трапезная часть капитально реконструирована с заменой сводчатых перекрытий. Здание оштукатурено, с окон сбиты наличники (сохранились только на окнах апсиды). Уцелел 1-й ряд кокошников. В целом же, после перестройки, стиль московского барокко XVII в. уступил место позднему ампиру.
Никитский храм — одноглавый, бесстолпный, в виде высокого двусветного четверика, перекрытого сомкнутым сводом. Храм имеет два придела: во имя апостола Иакова, брата Господня, и во имя святителя Митрофана Воронежского. На стенах и своде храма сохранилась часть росписей 1830 г. с последующими подновлениями.
В 1778 г. на средства дочери Ивана Трофимовича Мещанинова, коллежской советницы Татьяны Ивановны Тетюшевой, была построена каменная ограда.
Церкви принадлежал дом, в нижнем, каменном, этаже которого жила просфорница, а верхний, деревянный, сдавался внаём.
На содержание священноцерковнослужителей шли проценты с капитала, положенного Киприаном и Домникой Кисловыми. Причт церковный издавна состоял из священника, дьячка и пономаря.
По клировой ведомости 1840 г. священником при Никитском храме был Пётр Матвеевич Никитский. Сын священника, в 1799 г. он окончил Коломенскую семинарию и рукоположен к Соборно-Богородицкой церкви с. Черкизово Коломенской округи.
В семье о. Петра Никитского, получившего фамилию по названию своего храма (это было традиционно — фамилия его отца была Черкизовский), 4 июня 1824 г. родился третий сын Никита (1824–1887 гг.), будущий философ, публицист и издатель. В семинарии Никита (также, как и два его старших брата — Александр и Сергей) получил фамилию, отличную от отцовской, — Гиляров (в переводе с латинского «hilaris» — весёлый). Окончив семинарию первым учеником, он решает поступать в Московскую Духовную академию.
В 1848 г. Никита Петрович окончил и Духовную академию, где за успехи был удостоен прибавления к фамилии — Платонов (как стипендиат, получавший стипендию, учреждённую митрополитом Платоном). Одним из первых в России Гиляров-Платонов предпринял обстоятельный анализ феноменологии Г. Гегеля. В 1848 г. получил в академии кафедру герменевтики и учения о вероисповеданиях, ересях и расколах. Современник писал: «Он никогда не садился за кафедру и не читал по тетрадке, но как только входил в аудиторию и раскланивался со студентами, то начинал ходить взад и вперед по аудитории и непрерывно говорить до самого звонка, имея в руке небольшой лоскуток бумаги, на котором было намечено, о чём говорить на этой лекции. И как только он говорил! Речь его была жива, блестяща, чарующа, обильным потоком лилась из его уст и не имела ни малейшего признака деланности, искусственности. Нужно ли говорить, что студенты обожали его?».
В 1867–1887 гг. Никита Петрович издавал газету «Современные Известия». В газете он был издателем, редактором и главным сотрудником. Гиляров-Платонов стал известен как талантливый, глубоко образованный публицист и запомнился как человек с открытой душой и неподкупно-честным сердцем.
В Никитском храме находились святыни: чудотворная Иерусалимская икона Божией Матери, крест и Владимирская икона, принадлежавшая князю Дмитрию Пожарскому. Также в храме хранились мощи многих святых.
В советское время храм был порушен и разграблен. 22 апреля 1922 г. из церкви Никиты Мученика «в присутствии священника В. Петрова произвели изъятие для передачи в ГОХРАН в фонд помощи голодающим: 3 звездочки с 18-ю алмазами, 1 бирюзой и 181 жемчужиной».
25 апреля 1922 г. из той же церкви Никиты Мученика изъято «риз серебряных с икон — 8 пудов 19 фунтов, лампад серебряных 24 шт. 12 фунтов, крестов серебряных 2 шт. — 4 фунта, дарохранительницы 2 шт., 18 фунтов, чаши с принадлежностями 2 шт. — 9 фунтов, мелочь — 9 фунтов».
Окончательно храм был закрыт 22 декабря 1929 года. Уничтожен купол и верхний ярус колокольни.
31 июля 2001 года храм передан церковной общине в аварийном состоянии.
Первая Божественная литургия во вновь открытой церкви совершилась 28 сентября 2001 г. в день памяти великомученика Никиты.
В 2002 г. в приделе апостола Иакова установили иконостас, написанный коломенским художником Андреем Гавриловым. Большое внимание уделяется церковному пению. При храме действует воскресная школа, а летом православный городской лагерь.