В средневековой Феодосии была сотня фонтанов, к которым по водопроводу была проведена вода из горных ключей. К 1829 г. большая часть средневековых водопроводов разрушилась. Действующих фонтанов осталось только шесть. Феодосия постоянно испытывала недостаток воды, особенно после вырубки леса на ближайших горах. В засушливые годы на одного человека приходилось 3,5–4 литра воды в сутки. В очередях у фонтанов нередко случались драки. Дошло до того, что в сухое лето 1887 г. воду в город доставляли в бочках пароходами из Севастополя.
Осенью того же года И. К. Айвазовский решил безвозмездно передать родному городу Субашский источник, находившийся на территории его имения. По проложенному водопроводу из чугунных труб Феодосия стала ежесуточно получать 50000 ведер чистой питьевой воды.
Официальное открытие водопровода состоялось 1 октября 1888 года. Субашская вода в целом решила проблему водоснабжения города.
В день официального открытия водопровода произошел пуск и фонтана, сооруженного на средства и по проекту И. К. Айвазовского.
Фонтан выстроен в восточном стиле из местного камня-ракушечника, характерной чертой строения являются большие навесы от крыши. Частично сохранилась каменная облицовка стен.
Городская дума собиралась назвать фонтан именем Александра III, были подготовлены и отправлены по инстанциям соответствующие документы. Однако, учитывая заслуги И. К. Айвазовского, Высочайшим Указом в сентябре 1888 года было велено дать фонтану имя великого художника. Поэтому ставший памятником архитектуры и городской достопримечательностью фонтан так и остался «фонтаном Айвазовского».
В 1993 г. фонтан был реконструирован.
25 октября 2006 г. была установлена разноцветная подсветка для фонтана. Специальное устройство по индивидуально заданной программе переключает светодиодные светильники с одного цвета на другой, обеспечивая их смешение. В каждом светильнике по три диода: красный, синий, зеленый. Смешение цветов происходит по принципу телевизионной трубки, и в итоге получается множество оттенков.