Екатерининская церковь — яркий пример русского культового зодчества, построена в архитектурных традициях ХVII века, богато декорирована. Сооружена в честь святой великомученицы Екатерины, а также в память о присоединении Крыма к России во времена царствования Екатерины Великой.
21 апреля 1892 года, в день рождения императрицы Екатерины II, была произведена закладка церкви во имя святой Екатерины.
Церковь строилась на добровольные пожертвования феодосийцев: обер-прокурор святого Синода выделил 3000 рублей, крупный вклад в строительство сделал доктор математических наук В. И. Лапшин. Коммерсанты города предоставили строительные материалы, а бригада рабочих безвозмездно трудилась в воскресные дни. В составе строительного комитета находились уважаемые люди: городской голова Алтухов, настоятель Александро-Невского собора Иваницкий, инженер-строитель Феодосийской железной дороги Меженинов. Возглавлял комитат В. К. Виноградов, директор Феодосийской мужской гимназии.
В основе плана свято-екатерининской церкви — греческий крест, стены на высоком цоколе по углам разделены колоннами. Обрамленный портиком вход расположен на западной стороне, над входом — изящная звонница. Световой барабан представляет собой пирамиду с небольшим золотым куполом. С каждой стороны барабана устроены четыре больших арочных окна, украшенных стрельчатым верхом и резным узором. Свет проникает в храм и через прямоугольные окна в стенах. Верх здания опоясан системой кокошников, а купол составлен из пяти небольших куполов.
Церковь очень нарядная, яркая, необычная, ее архитектурный облик отличается пышностью оформления. Архитектор щедро украсил храм кокошниками разных размеров, капителями и колоннами, утолщенными в середине. К входу в храм ведет небольшое арочное крыльцо, над ним устроена невысокая, четырехугольная колокольня.
Купола окрашены в синий цвет и усыпаны золочеными звездами. Световой барабан представляет собой пирамиду с небольшим золотым куполом. С каждой стороны барабана устроены четыре больших арочных окна, украшенных стрельчатым верхом и резным узором. Свет проникает в храм и через прямоугольные окна в стенах. Всем своим обликом церковь напоминает русскую красавицу в пышном убранстве.
В 1937 году церковь была закрыта и превращена в склад. Спустя 4 года вновь открыта немецкими оккупационными властями. С тех пор являлась одной из немногих действующих церквей в Крыму.
С историей Екатерининского храма тесно связана история жизни и смерти священника Андрея Косовского. Он был настоятелем церкви святой Екатерины с 1901 года. После того как Крым в 1920 году окончательно перешел в руки красных, настоятель был арестован прямо в храме во время одного из богослужений. Это событие совпало с престольным праздником храма — днем памяти великомученицы Екатерины. Долгие месяцы отец Андрей провел в заточении, а затем был расстрелян по приговору следственной комиссии особого отдела ВЧК. В 2000 году синодальная комиссия по канонизации новомучеников приняла решение о причислении протоиерея Андрея Косовского к лику святых.
В 1999 году к церкви святой Екатерины пристроен еще один храм — во имя святого Иоанна Крестителя с крестильней и помещением для воскресной школы.
В 2002 году был начат капитальный ремонт церкви, который плавно перешел в строительство других объектов. Был построен целый комплекс, включающий в себя помещения для воскресной школы, методического кабинета, библиотеки и гостиницы.