Дата постройки храма 1684–1693 гг. Роспись 1692–1693 гг. Первоначально на месте церкви располагались посадские дворы. В XVI в. это место отошло Спасскому монастырю. Он поставил здесь деревянный храм и конюшенный двор, а в XVII в. после «Смутного времени» поселил здесь слуг и зависимых людей. Так возникла Богоявленская слободка.
Ныне существующему храму предшествовала деревянная церковь богоявления, самые ранние упоминания о которой относятся к XIII веку.
Каменный храм строился в конце XIX века на средства ярославского купца «гостинной сотни» Алексея Зубчанинова, потомка «закладчиков» Спасского монастыря. Это одна из первых бесстолпных церквей Ярославля, в архитектурной композиции которой чувствуется влияние московского зодчества того периода. Пятиглавый, без подклета, с галереями — приделами с трех сторон, с восьмигранной шатровой колокольней, храм выделяется нарядной отделкой фасадов и полихромными изразцами. Размещение и цветовая гамма их строго подчинены архитектуре памятника. С московскими памятниками эту церковь сближает впервые примененный в Ярославле прием покрытия центральной части здания двумя рядами кокошников с четырехскатной кровлей. На ней высокие глухие барабаны с изящными луковичными главами.
Храм расписан ярославскими мастерами во главе с Дмитрием Плехановым Федором Игнатьевым. В XIX в. храм был обнесен оградой, перестроено западное крыльцо. Памятник отреставрирован в советское время.
Церковь богоявления занимает одно из главных мест в архитектурном ансамбле Которосльной набережной — панораме города со стороны московской дороги. Кроме того, церковь богоявления — главная архитектурная доминанта одной из центральных площадей города — Богоявленской (б. Подбельского), которую ограничивает с южной стороны.
Храм имеет три престола. Главный престол посвящен двунадесятому празднику богоявления или крещения Господня. Южный престол освящен во имя святого Дмитрия Прилуцкого, вологодского чудотворца, северный — в воспоминание Страшного суда Христова.
Храм имел три главные святыни, о которых упоминают все источники:
– напрестольный деревянный крест 1709 года, обложенный серебром, в котором сохранялись часть древа креста Христова и 32 частицы мощей разных святых (не сохранился);
– деревянная резная глава Иоанна Предтечи на блюде (не сохранилась);
– огромный запрестольный алтарный крест — великолепный образец резьбы по дереву конца XVII века, который не имеет аналогов и повторов в ярославском искусстве.
Храм относится к третьему, заключительному периоду ярославской архитектурной традиции с характерным бесстолпием основного объема, сомкнутым сводом и преобладанием декоративного начала.