В давние времена территория, где сейчас находится храм, принадлежала Черниговскому княжеству. Вместе с этим, преподобный Николай Святоша был сыном черниговского князя. Поэтому и храм построен в честь этого святого.
Место под будущий храм было освящено по благословению митрополита Владимира 6 октября 2006 года.
Строительство церкви было начато 27 октября 2007 года после дня памяти преподобного Николы Святоши.
Храм Николы Святоши спроектирован архитектором Георгием Николаевичем Рогожиным и возведен под руководством главы администрации государственной специальной службы транспорта генерал-лейтенанта Малькова Николая Ивановича, средствами благотворителей и стараниями личного состава Госспецтрансслужбы.
14 декабря 2008 года в нижнем храме во имя святого мученика Иоанна Воина была совершена первая Божественная литургия.
15 апреля 2010 года епископ Васильковский Пантелеимон освятил кресты для куполов храма.
4 ноября 2010 года церковь была освящена предстоятелем УПЦ митрополитом Владимиром.
С октября 2011 года по апрель 2012 года проводились роспись стен и потолка храма.
7 мая 2012 года епископ Васильковский Пантелеимон освятил нижний храм во честь мученика Иоанна Воина.
