Музей археологии Москвы открыт в 1997 году. Он расположен в подземном павильоне на глубине 7 метров в историческом центре столицы, непосредственно на месте крупномасштабных археологических исследований, проводившихся на Манежной площади в 1993–1997 годах. Основу экспозиции Музея составляют обнаруженные в ходе раскопок устои Воскресенского моста ХVI–ХVII вв., который в прошлом соединял два берега реки Неглинной.
Раскопки, в режиме охранных работ, были организованы Центром археологических исследований г. Москвы. В толще культурных напластований (мощностью до 6–8 м.) были обнаружены детские игрушки, печные изразцы, медные и серебряные монеты, оружие, разнообразные бытовые предметы. Археологам удалось раскрыть фундаменты каменной застройки XVIII–XIX вв., выявить булыжные и деревянные мостовые, колодезные срубы и другие сооружения. Это позволило реконструировать планировку и застройку древнего Занеглименья, выявить следы ремесленного производства, воссоздать быт населения этого района средневековой Москвы.
В результате совместных усилий археологов Центра, архитекторов-реставраторов мастерской № 11 института «Моспроект-2» и сотрудников Музея истории Москвы на месте сохранившихся устоев Воскресенского моста был создан первый в России подземный музей археологии.
Воскресенский мост через реку Неглинную — одно из самых крупных сооружений, обнаруженных археологами. Первоначально на этом месте была деревянная переправа, от которой начиналась Тверская дорога на северо-запад России.
Во времена правления Бориса Годунова через реку Неглинную возвели каменный мост, первый в Москве. Его изображение сохранилось на планах Москвы XVII в. В 1740 году на месте обветшавшего моста был построен белокаменный мост (архитектор П. Гейден). Мост, длиной более ста метров и шириной около тридцати, имел пять арок, из них лишь одна была проточной — самая правая арка, если смотреть на мост с галереи Музея. Хорошая сохранность сооружения объясняется тем, что в 1817–1819 годы, в ходе реконструкции Москвы после пожара, река Неглинная была заключена в подземный коллектор, а Воскресенский мост засыпан. Увидеть, как выглядел Воскресенский мост в начале ХIХ века можно на макете в экспозиции Музея.
