Музей Москвы создан в 1896 г. по инициативе Городской думы как Музей московского городского хозяйства. С 1920 г. именовался Московским коммунальным музеем. В 1940–1986 гг. известен москвичам как Музей истории и реконструкции Москвы. В 1986 г. получает название — Музей истории Москвы. В 2004 году Музей истории Москвы получил статус Музейного объединения «Музей Москвы».
В основу музейного собрания легли материалы, представленные Московской городской думой на Всероссийской Художественно-промышленной выставке 1896 г., проходившей в Нижнем Новгороде.
С 1892 г. музей размещался в Крестовских водонапорных башнях (разобраны в 1940-х гг.), с 1925 г. — в Сухаревой башне (1692–1695 гг., архитектор М. И. Чеглоков, разобрана в 1934 г.), с 1934 г. — в церкви Иоанна Богослова под Вязом.
В начале 1920-х годов программа научной деятельности музея была разработана при содействии ученых-историков Московского университета и Института городского хозяйства (Д. Н. Анучина, Б. Б. Веселовского, М. Н. Тихомирова и др.), а также художника А. М. Васнецова.
В 1947 г. экспозиция впервые была построена по историко-хронологическому принципу (существовала до середины 1970-х годов). На сегодняшний момент, из-за недостатка экспозиционной площади (450 кв. м.) в Музее представлена постоянная экспозиция «От поселения до столицы. История Москвы в XII–XVII вв.», выставка «Москва Гиляровского», устраиваются выставки из фондов музея.
В собрании музея хранится свыше 1000000 единиц хранения, в т. ч. богатые археологические коллекции, фонд изобразительных материалов (серия картин А. М. Васнецова «Старая Москва», произв. И. К. Айвазовского, В. Е. Маковского, В. Д. Поленова, В. И. Сурикова, Л. О. Пастернака, В. В. Нестерова, Р. Р. Фалька и др.). Коллекции открыток с видами Москвы разных периодов, фотоматериалы. Большой интерес представляет фонд документально-письменных источников (личные архивы историков Москвы П. В. Сытина, Б. С. Земенкова, химика Б. И. Збарского и др.), архивы городских и государственных организаций, коллекции планов, карт, путеводителей и справочников по Москве, редких, в т. ч. рукописных книг, плакатов и афиш.
Фонд вещественных источников (ткани, фарфор, стекло, оружие, предметы быта, нумизматическая, фалеристическая, бонистическая коллекции) дает представление о быте и жизни москвичей на протяжении всей истории города. В научной библиотеке хранятся издания по истории города (свыше 60000 книг, 50000 экземпляров газет и журналов).
С 1946 г. музей ведет археологические исследования Москвы, организует историко-бытовые экскурсии, работу Клуба юных археологов, с 1950 г. выпускает серию «Трудов…». Музейное объединение включает в себя отделы-филиалы: Старый Английский двор, Музей археологии Москвы, Музей Храма Христа Спасителя, Музей русской усадебной культуры, Музей истории «Лефортово», Музей русской гармоники А. Мирека.
Церковь Иоанна Богослова под вязом, у Китайгородской стены (Новая пл., д. 12) была построена в 1825–1837 гг., сменив кирпичный храм, сооруженный в 1658 г. Появление первой деревянной церкви в конце XV в. (известна с 1493 г.), было связано, вероятно, с укрепленным острожком, который находился за пределами посада и прикрывавшим ближайшие подступы к Москве с востока. В черту города церковь вошла в первой половине XVI в. после строительства стены Китай-города. Огромный вяз, по которому церковь получила свое название, рос у ее алтаря до 1775 г. 2-этажное, с высоким цокольным этажом здание собственно храма, выстроенное в формах ампира, представляет собой монументальный, прямоугольный в плане объем, завершенный круглым световым барабаном, перекрытым куполом.
Вместо традиционного алтарного выступа восточный фасад церкви обработан торжественным 6-колонным портиком. Открытые пространства Лубянской и Новой площадей позволяют ныне воспринимать церковь с большого расстояния как важнейший архитектурный акцент застройки восточной части Китай-города. На 2-м этаже церкви помимо главного престола находились пределы Обретения главы Иоанна Предтечи и евангелиста Луки, в цокольном — Покрова Богородицы, Николая Чудотворца и Митрофания Воронежского. В 1925 г. храм был закрыт. С 1934 г. в нем разместился Музей Москвы.
