В начале XVII века на этом месте, вблизи дороги, проходившей по левому берегу реки Неглинной, находился «Убогий дом», а при нём деревянная Никольская церковь, заменённая около 1657 г. каменной.
Позже, с 1677 г., когда на этой территории уже размещалась слобода, заселённая звонарями колокольни «Иван Великий», церковь получила ставшее употребительным наименование — «в Звонарях».
Сегодня мы наблюдаем постройку 1762–1781 гг. Церковь возведена по приказу Екатерины II на средства владельца соседней усадьбы графа И. И. Воронцова по проекту архитектора К. И. Бланка.
Здание удачно соединяло в себе классическую основу с русскими традициями, сочетая компактную купольную композицию с крестообразным внутренним пространством.
Три придела: Николая Чудотворца, Усекновения главы Иоанна Предтечи, Димитрия Ростовского существовали и до 1762 г., а придел преподобного Сергия устроен в 1766 году.
Основной объём представляет собой монументальный двухсветный четверик, над которым вознесён крупный стройный восьмерик, доминирующий в окружающей застройке. Его подчёркнуто-богатое декоративное оформление в виде пышных композитных капителей на угловых пилястрах и крупных, рассчитанных на восприятие с большого расстояния наличников, украшенных головками серафимов, контрастирует с упрощённой, несколько плоскостной моделировкой отделочных деталей на других объёмах.
Церковь занимает угловой участок на пересечении улицы Рождественки и Звонарного переулка, выступая на красную линию улицы восточным фасадом с прямоугольной в плане апсидой.
Небольшие пристройки, примыкающие по сторонам к колокольне, сделаны в конце XIX в. Ограда церковного участка возведена в XIX в.
Храм был закрыт в 1933 г., принадлежал Московскому архитектурному институту.
С того времени чудом уцелела уникальная икона — Божией матери Взыскания погибших. Ее сберегла старенькая прихожанка разграбленного храма, которая даже в годы эвакуации не расставалась со спасенной реликвией. После войны она передала икону в Пюхтицкий женский монастырь, что располагался невдалеке от Таллина. Но на этом история чудотворной иконы не закончилась. После образования независимой Эстонской Республики патриарх Московский и всея Руси Алексий II принял решение создать в Москве Подворье Пюхтицкого монастыря. И случилось так, что настоятельница будущего подворья — матушка Филарета — из всех предложенных ей 14 московских храмов выбрала Николу в Звонарях. Туда-то и была с почестями возвращена икона Божия матерь Взыскания погибших. Она наряду с власяницей, где собраны мощи многих великих святых, стала главной святыней собора.
В 1994 г. в церкви учреждено подворье Успенского Пюхтицкого женского монастыря (Эстония).
Престолы на 2006 г.: Благовещения Богородицы (главный). Придельные: Николая Чудотворца, приставной — свт. Алексия, Усекновения главы Иоанна Предтечи, преподобного Сергия, Успения Богородицы, Димитрия Ростовского.
