В 1791 году указом Екатерины II главе армянской общины И. Л. Лазареву было разрешено возвести по проекту Ю. М. Фельтена на участке, рядом со Смоленским лютеранским кладбищем «для погребения умирающих армян небольшую каменную церковь» вместе с богадельней.
Эта церковь была задумана Лазаревым как семейная усыпальница. Вскоре была сооружена часовня, где первым был похоронен сын Лазарева — Артемий, адъютант кн. Г. А. Потемкина-Таврического, погибший в начале 1791 г. на русско-турецкой войне, а затем и сам И. Л. Лазарев, скончавшийся осенью 1801 года.
В часовне было поставлено великолепное двойное надгробие, исполненное в 1802 г. академиком И. П. Мартосом. В 1808 г. брат Лазарева — Мина поручил подрядчику Кузьме Васильеву выстроить церковь, украшенную портиками и большим куполом, которая была возведена по проекту Л. Руска на месте часовни и 5 октября 1808 г. освящена во имя Воскресения Христова.
Интерьер в XIX веке был украшен росписью. К началу XX века в церкви находилось около 30 захоронений рода Лазаревых и других знатных семей армянского происхождения: Абамелик, Деляновых, Сумбатовых, родственно связанных с Лазаревыми.
В XIX веке вокруг церкви образовалось армянское Лазаревское кладбище, позднее ставшее отделением Смоленского. Со временем надгробная церковь стала приходской, и при ней открылось благотворительное общество. К октябрю 1901 г., столетию со дня смерти И. Л. Лазарева, архитектор А. М. Кочетов возвел для богадельни и квартир причта двухэтажный дом, выдержанный в армянском стиле.
Храм был закрыт по решению Президиума Ленсовета от 9 мая 1931 г. и передан Геологоразведочному управлению. Произведение Мартоса в следующем году вывезли в Музей городской скульптуры.
В 1939 г. захоронения на кладбище полностью прекращены. После войны здание служило мастерской скульптору В. Б. Пинчуку.
В сентябре 1988 г. церковь вернули армянской общине, и 8 октября того же года в ней состоялось первое богослужение. После реставрации храм в 1989 г. был освящен.