В целях сохранения в природном состоянии ценного карстово-спелеологического комплекса постановлением Совета Министров УССР от 07.08.1963 № 1180-р пещера Красная объявлена геологическим памятником природы общегосударственного значения.
Красная пещера входит в состав природно-заповедного фонда Украины, который охраняется как национальное достояние и является составной частью мировой системы природоохранных территорий и объектов, находящихся под особой охраной.
История формирования Красной пещеры типична для развития карстовых процессов в горных массивах Крыма. Это история растворения и размыва известняков подземными водами по путям, предопределенным целым рядом геологических факторов: строением массива, особенностями слагающих пород, трещиноватостью, создающей благоприятные условия для проникновения подземных вод в определённых направлениях, рельефом и расчлененностью поверхности массива. Эти факторы и целый ряд других, хотя и второстепенных, но важных причин определяют пути стока и объём стекающих осадков. Дождевая и талая вода содержит в себе углекислый газ. Поэтому сперва она действует как слабая кислота, «разъедая» известняки, расширяя и углубляя трещины. Капли воды постепенно сливаются в струи, струи — в ручейки. К растворению присоединяется механическое разрушение. Теперь ничто не может противостоять незримой силе воды. Размывая трещины, выщелачивая известняки, вода создаёт в глубине горного массива величественные залы и вертикальные шахты, подземные ходы и галереи.
Красная пещера (Кизил-Коба) — самая большая пещера в Крыму и одна из крупнейших карстовых полостей Восточной Европы, залегающих в известняках. Ее протяженность 21150 м., площадь 64000 кв. м., объём 270000 куб. м., перепад высот 275 м.
Красная пещера включаете в себя пещеру Голубиную и пещеру-источник Грифон. Это разветвленная, многоуровневая система, состоящая из протяженных галерей, вертикальных колодцев и обводненных зон. Фрагментарно прослеживаются участки, содержащие до 6 этажей. Протяженность отдельных залов составляет 70–80 м., высота до 145 м. (Зал голубой капели).
Пещера состоит из главной обводненной галереи, принимающей ряд боковых притоков. Подземная река образует озера глубиной до 4 метров и ряд сифонов, из которых выделяют 6 основных.
Температура воды 9,3–10,4 С. Средняя температура воздуха нижних этажей 8,1–9,6 С, верхних 10,9–11,8 С.
В результате колебаний атмосферного давления, а также разницы температуры воздуха на поверхности и внутри пещеры, возникает интенсивный воздухообмен (в ближней части до 30 раз в сутки) с максимальной скоростью воздушного потока до 8,0 м/с (Горло Шаманского).
По дну пещеры протекает подземная река Су-Учхан, разделенная шестью карстовыми сифонами. Пещера украшена сталактитами, сталагмитами, бахромой, драпировкой, кораллитами. В ванночках, с кристально чистой водой, встречается пещерный жемчуг.
В ближней части пещеры обнаружено святилище земледельческого культа, датированное VII–VI в. в. до н. э. (Кизилкобинская культура).
В Красной пещере обитает 6 видов летучих мышеи, а также пещерные виды бокоплавов, жуков, пауков и губоногих многоножек. Некоторые виды эндемичны.
В 1824 году Красную пещеру посетил А. С. Грибоедов.
Первые научные открытия в Красной пещере были сделаны в 1914 г. симферопольским краеведом, знатоком крымских древностей С. И. Забниным. Он произвёл раскопки на небольшой площадке перед входом в Нижнюю пещеру. В верхнем слое грунта были обнаружены остатки очагов и различных бытовых предметов III–V веков — керамические пряслица, обломки глиняных сосудов. Здесь же был найден хорошо отполированный молоток из диорита с круглым отверстием для рукоятки.
В 1921 г. археологи Н. Л. Эрнст и Г. А. Бонч-Осмоловский вторично обследовали пещеру и урочище. Было обнаружено большое количество керамического материала VII–VI веков до н. э., бронзовые наконечники стрел, кольца, браслеты, бусы. Один из найденных сосудов был богато украшен узорами солнечного диска с расходящимися лучами, зигзагообразными линиями (молния) и точками (капли дождя).
В те же годы на туфовой поляне перед пещерами было раскопано жилище человека, населявшего ущелье около 2500 лет назад. Это была небольшая вырубленная в туфе полуземлянка с низкой лежанкой и нишами по бокам, позже нашли следы ещё двух землянок. В результате раскопок стало ясно, что на поляне находилось небольшое поселение неизвестной до этого культуры, которая по названию пещеры и ущелья получила название Кизил-Кобинской. А пещера служила, как родовое святилище, где происходили жертвоприношения домашних и диких животных. Кости жертвенных животных, керамика, кремневые орудия были найдены не только в первом зале пещеры, но и на третьем, четвёртом и пятом этажах. В III–IV веках в пещере хранили вино, а на поляне находилась скифская усадьба.
В 1958 году была организована карстовая экспедиция, которая проникла за первый сифон пещеры, открытый Михаилом Ефимовым, составила топосъёмку пещеры. Большой вклад в изучение пещеры внёс Виктор Николаевич Дублянский.
С 1989 г. в пещере действует оборудованный экскурсионный маршрут протяженностью 500 м.