Уже в начале XIII века на месте сегодняшней церкви Святого Михаила в Вюрцбурге стояла небольшая капелла. Она была посвящена Св. Агнесе и использовалась монастырем францисканцев, основанным еще при жизни Св. Франциска.
В 1230 г. церкви и монастырю потребовалась перестройка, которая была закончена в 1257 г.
В последующие века здание несколько раз расширялось.
В XVI веке монастырь был распущен.
С открытием школы 28 апреля 1561 г. для здания, что сейчас представляет собой семинарию, началось новое время: оно начало использоваться как учебное заведение.
В ноябре 1561 г. в здании поселились иезуиты. Юлиус Эхтер хлопотал об основании университета, чтобы открыть в нем философский и теологический факультеты. Для этого было выделено место рядом с бывшим монастырем Св. Агнесы.
С основанием семинарии в 1589 г. иезуиты стали ответственны за образование приходских священников.
В 1606—1610 гг. была построена первая церковь Св. Михаила и Св. Агнесы.
Нынешняя церковь Святого Михаила была построена на месте старой под руководством Иоганна Филиппа Гегеля и Иоганна Михаэля Фишера в 1765—1798 гг. Еще во время постройки орден иезуитов был в 1773 г. упразднен.
Прекращение деятельности ордена и связанная с ним экспроприация иезуитской коллегии и церкви имела большие архитектурные и финансовые последствия для окончания постройки. Однако был построен хор, внутреннее оформление которого было выполнено в новом экономном стиле классицизма, остальные части больше соответствуют рококо. Лепные работы в здании, а также четыре алтаря были созданы Матерно Босси. Главный майнцский художник Джузеппе Аппиани, который оформил знаменитую паломническую Церковь 14 святых, расписал крышу главного и широких боковых нефов.
После упразднения иезуитов бывшая иезуитская коллегия стала церковной семинарией, а церковь после освящения в 1831 г. стала семинарной церковью.
16 марта 1945 г. церковь полностью сгорела во время пожара, вызванного бомбардировкой Вюрцбурга. Необходимые мероприятия по восстановлению были ограничены минимумом. В 1955 г. церковь была уже освящена Юлиусом Дёпфнером. Само собой разумелось, что церковь была не обязана быть искусно отделана.
В честь 400-летней годовщины вюрцбургской семинарии руководство епископства решило оформить церковь по-новому, согласно идее, существовавшей уже в 1980 г. Должна была быть выработана новая концепция, которая бы придала значимости архитектурно существующему помещению, а также сделала возможным искусное превращение центральных свидетельств веры. Для этого главной темой оформления церкви стало Откровение Иоанна Богослова. Для работ по украшению церкви был приглашен Генрих Герхард Бюкер из вестфальского города Феллерна на Бекуме. Работы начались в 1988 г. и были полностью закончены к декабрю 1991 г.
В мае 1995 было завершено оформление купола.
Фасад здания церкви, сделанный из чередующегося красного и белого песчаника, покоится на высоком цоколе. Три простых портала находятся над небольшим наружным крыльцом. Над главным входом расположено овальное окно, справа и слева от которого находятся две колонны. На расположенном сверху цоколе в верхнем поле фасада стоят статуи важных иезуитских Святых Игнатия Лойолы и Франциска Ксавера. В треугольном фронтоне символически изображено Всевидящее Око, окруженное головами ангелов, сиянием и облаками. На вершине находится крест, почитаемый двумя ангелами.
