Церковь Спаса в рядах впервые упоминается в писцовой книге по Костроме 1628 года: «а церковь была Всемилостивого Спаса Происхождение честных дерев Животворящего Креста».
На месте деревянного храма в 1766 года попечением костромского купца Стефана Семёновича Белова была выстроена каменная церковь с колокольней. Церковный историк Иван Васильевич Баженов указывал, что храм имел два престола: первый — во имя Всемилостивого Спаса, второй — в честь Покрова пресвятой Богородицы. Из достопримечательностей Спасской церкви он отмечал находившийся в местном ряду иконостаса образ Происхождения честных древ Животворящего креста Господня древнего письма и икону святых мучеников Гурия, Самона и Авива (местночтимую святыню).
Известный костромской зодчий Степан Андреевич Воротилов в 1794 году по собственному проекту построил портик, обращенный к Волге, с большой колокольней над аркой. Росписи в храме выполнены в восьмидесятые годы XIX века мастерами из посада Большие Соли Костромского уезда (либо Е. С. Сорокиным, либо — Г. Демидовым), имеющими академическую выучку.
В двадцатые годы ХХ века храм был закрыт и переоборудован под антирелигиозный музей города Костромы — центр атеистической пропаганды.
В 1931 году по указанию сектора науки Наркомпроса колокольня и пять церковных куполов были уничтожены.
В 1974 году храм как памятник архитектуры включили в план реставрационных работ, завершившихся полностью в начале восьмидесятых годов. По указанию Костромского управления культуры кресты на храме были заменены спицами. Храм использовался как часть торгового комплекса Красных рядов. В конце восьмидесятых годов помещение церкви передано под выставочные залы Костромскому историко-архитектурному музею-заповеднику.
В 1992 году по инициативе Костромской епархии на колокольне храма были установлены колокола. С этого времени ежедневно в полдень над центральной частью Костромы звучит колокольный звон.
