Основан в 1610 году на месте сгоревшего во время осады поляков в 1609 году старого монастыря. Святыней монастыря стал список с образа Казанской Божьей Матери, приобретенный в XVI веке.
По преданию защитники Ярославля переносили чудотворный образ из храма в храм по мере продвижения врага. Поляки не одолели Ярославль, и жители увидели в этом «заступничество» Казанской Божьей Матери. Монастырь стал символом победы над польско - литовскими интервентами. В 1612 гожу этот образ Казанской Божьей Матери сопровождал ополченцев Минина и Пожарского в походе на освобождение Москвы.
С середины XVII века по 2 половину XIX века на территории монастыря были построены каменная Казанская церковь, каменные кельи, монастырские стены, церкви Покрова Богородицы и Сретенья Господня. Большой пятиглавый Казанской собор в стиле позднего классицизма был построен в 1845 году по проекту архитектора А.И. Мельникова.
В 1918 году Монастырь был упразднен. Многие постройки подверглись переделкам, снесена колокольня. В настоящее время монастырь передан в ведение православной церкви.
