В XVI веке территория, где располагается Лихтенштейнский дворец, принадлежала ордену мальтезских рыцарей. Позднее здесь был выстроен дом, принадлежавший оппозиционеру К. Кобру, казненному за участие в противогабсбургском восстании.
Следующим владельцем оказался Ф. Гелфрид из Кайзерштейна, который и начал в 1696 г. постройку дворцового комплекса, окружающего внутренний двор в форме шестигранника с двумя башенками, соединенными аттиком и богато декорированным порталом.
Проект Лихтенштейнского дворца приписывается известному архитектору пражского барокко Д.Б. Аллипранди.
Большие перемены в облике объекта произошли после покупки его Лихтенштейнами в 1831 г. В ходе перестройки в классическом стиле от барокко мало что осталось: так, живописные башенки с аттиком были отстранены, появилась простая кровля, а барочный портал, украшенный пилястрами и капителями ионического ордера, дополнился Лихтенштейнским гербом.
Современный вид дворец приобрел в результате реконструкции, осуществленной следующим владельцем дворца (1864 г.), которым стал богатый пекарь Ф. Одколков. Перестройкой в стиле неоренессанс с надстройкой дополнительного этажа по всему периметру занимался Срнец по проекту Ульмана (не исключено участие Зитека).
После войны дворец перешел во владение Чехословацкого правительства, а сад стал частью общественного парка.
Дворец оказался в аварийном состоянии из-за влтавских вод, угрожавших обвалом в реку, когда кладка цокольного этажа начала распадаться.
В период 1982—1991 гг. проходила генеральная реконструкция дворца. Стены по периметру дворца были закрыты от воды так называемыми «миланскими стенами» (гидроизоляционная бетонная охрана которых достигает глубины 10—14 метров), появился подвальный этаж, проведен глинобетонный инъектаж стен, здание перетянуто стальными тягами.
На отреставрированный фасад вернулось восемь ваз из искусственного камня, которые восстанавливались согласно старым гравюрам. В ходе реконструкции интерьеров были реставрированы настенные росписи на сводах третьего этажа.
