Во времена правления Вратислава II (1061–1092 гг.), который перенес свою резиденцию из Пражского Града в Вышеград, был построен костел, посвященный святым Петру и Павлу.
В начале XII столетия костел был значительно расширен.
В середине XIII в. перестроен в стиле ранней готики.
При падении Вышеграда в ноябре 1420 г. костел был существенно поврежден.
В 1576 г. костел святых Петра и Павла реконструирован в стиле ренессанс.
В 1720 г. костел реконструирован в стиле барокко.
В первой половине XVIII в. в реконструкции участвовали такие известные зодчие пражского барокко, как: Франтишек Максимилиан Канька, Джиакомо Антонио Каневалле и Ян Блажей Сантини-Айхль.
Сегодняшний вид храма — это результат неоготической реконструкции, выполненной в конце XIX в. под руководством Йозефа Моккера.
В 1902–1903 гг. по проекту архитектора Франтишека Микша были построены высокие фасадные неоготические башни — «Адам» и «Ева». Также, как и великолепные фигуральные и орнаментные росписи интерьера храма, следует отметить и тимпан портала с рельефом «Страшного суда» (1901 г.).
В усыпальнице костела святых Петра и Павла захоронены представители рода Пршемысловичей: Вратислав II, Конрад, Собеслав I и Собеслав II. Сохранился каменный романский саркофаг примерно 1100 г., в котором, вероятно, был погребен один из них. В этом соборе также был крещен своей бабушкой святой Людмилой князь Вацлав.
Главной достопримечательностью костела является образ Девы Марии Вышеградской, называемой Дождливой, написанный на доске примерно в 1350 г. в готической манере.
